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決定從瓜島撤退以後，瀨島龍三以大本營駐海軍參謀的身份和聯合艦隊一起具體制定並指揮了從瓜島的撤退計劃，在英帕爾大敗以後大本營也是派瀨島龍三去緬甸和現地的河邊正三，田中新一一起處理善後。當時參謀本部對於瀨島的評價很高，說他很有能力，考慮全面，能夠協調關係。
但瀨島畢竟是皇軍參謀，皇軍參謀所有的怪毛病照樣有，只不過沒有石原莞爾，辻政信那麼突出罷了，“台灣近海空戰戰果事件”就最能說明問題。
1944年十月，參謀次長秦彥三郎和作戰課長服部卓四郎親赴馬尼拉，指示第十四方面軍將防守菲律賓的“捷一號作戰”計劃中原定的呂宋島決戰為萊特島決戰。從而促成了“萊特海戰”。美國參戰的有170艘軍艦，總噸位150萬噸，連同登陸用船隻總共900餘艘。日本海軍則是把包括戰列艦“大和”“武藏”號在內的所有能夠出動的軍艦全部押了上去，共77艘，總噸位66萬噸。雙方出動的作戰飛機加起來超過2000架。結果是“武藏號”等26艘日本海軍的軍艦長眠海底。
珍珠港，中途島，馬里亞納海戰都是使戰局發生巨大變化的大海戰，但是都沒有這次萊特海戰的意義重大。這次海戰，宣告了一支曾經是很強大的海軍的滅亡，這次海戰以後，所謂“大日本帝國海軍”就成為了歷史名詞。
這場海戰和瀨島龍三有直接關係。
1944年10月10日，“公牛哈爾西”帶了美國太平洋艦隊第三艦隊，突然對沖繩進行了攻擊，從12日開始對台灣的機場進行集中攻擊，其實這是為了準備在菲律賓的萊特島登陸而進行的佯動作戰，但大本營沒看出來。從12 日到15日，聯合艦隊的航空部隊和第二航空艦隊的轟炸機對哈爾西艦隊進行了反擊，從航空母艦上起飛的六百四十八架和從地面航空基地起飛的二百五十七架飛機參加了對哈爾西艦隊的攻擊。也就是所謂“台灣近海海戰”
據大本營19日發表的戰報說，光擊沉擊毀的美軍航空母艦就有19艘，戰列艦4艘，巡洋艦7艘，驅逐艦等15艘。其實呢？哈爾西的損失只是被擊毀了兩艘重型巡洋艦“休斯敦”和“坎培拉”而已。這場海戰在日本十分有名，有名的原因不是僅僅在戰果統計的荒唐，而是在於：有人知道了戰果統計荒唐，向大本營指出來了以後不但沒有人聽，反而被穿上小鞋，發配到前線去了。
發現戰果有水分的是參謀本部情報部的參謀堀榮三大尉，他去菲律賓出差正好路過九州的海軍鹿屋航空基地，親眼看到那些菜鳥海軍飛行員是怎麼胡亂判讀戰果,而基地的參謀們又是多麼胡亂統計，所以所謂的戰果根本就是荒唐無稽。堀榮三大尉立即回到新田原基地向參謀本部情報部部長有末精三大佐打電報報告了此事之後再去馬尼拉。一到馬尼拉的克拉克空軍基地，堀榮三大尉立即向十四方面軍的司令官山下奉文和參謀長武藤章報告了此事，這就是山下奉文和武藤章後來拼命反對大本營改變作戰計劃的原因。
山下奉文和武藤章相信了堀榮三的話，大本營為什麼就不相信呢？這是因為其本營不知道有這份電報，電報已被瀨島龍三少佐銷毀，因為瀨島不喜歡這份電報。用瀨島論文上的話來說就是他已經具有了“斷然的意志”，正在“迅速地貫徹於軍隊”，而且還捕捉到了“重創美軍哈爾西艦隊”這麼好的“戰機”。這個時候如何容許別的不調和音來干擾呢。所以，瀨島龍三少佐銷毀了那份電報。並且一不做二不休，乾脆把堀榮三就趕到菲律賓去當第14軍的作戰參謀去了。
所以當美軍第七艦隊兵臨萊特島時，陸軍參謀總長梅津美智郎和海軍軍令總長及川古志郎一起晉見天皇，說這次美軍的行動目的是“為了從政治上掩蓋台灣近海的失利而企圖儘早占領哪怕是菲律賓的一角”。日本歷史學家秦郁彥教授評論說：“這是陸海軍統帥部第一次如此迅速地同時做出了一致的判斷，只是，那是一次基於完全錯誤的情報的完全錯誤的判斷”。
在這種判斷下，1944年10月，日本和美國在菲律賓的萊特島外海進行了一次號稱是人類歷史上最大的海戰，可能也是人類歷史上最後一次大艦隊決戰。
這件事沒人知道。但是在1958年，在被拘留11年以後從西伯利亞回到日本的瀨島龍三還是找到了堀榮三，當面向他承認此事並賠罪。當然這次的賠罪其實可能另外還有原因。
1945年6月，離日本投降還有一個月的時候，瀨島龍三接到了一個在他一生中最重要的一次調動：任關東軍作戰參謀。這次調動有兩個原因，首先是敗戰就在眼前，而且蘇聯的參戰也不可避免，但關東軍作戰參謀是天皇的弟弟竹田宮，必須搶在蘇聯人前面把他調回東京，瀨島是去補缺的。再一個原因是瀨島已經被貼上了“敗戰主義者”的標籤，這是由於他和岡田啟介前首相以及迫水久常的親戚關係。是親戚總得走動，瀨島也知道岡田們一直被憲兵監視，把走動的次數減到了最低限度，一個月只走動個次把。但在憲兵和特高警察的眼裡，這就是“陰謀謀反”的嫌疑。確實瀨島在某種程度上為岡田提供了情報。
1945年4月的一天，迫水久常突然和瀨島聯繫，要求無論如何見一次面。兩人見面後迫水的第一句話就是：“本土決戰的勝利可能性到底有多少”。
但瀨島畢竟是皇軍參謀，皇軍參謀所有的怪毛病照樣有，只不過沒有石原莞爾，辻政信那麼突出罷了，“台灣近海空戰戰果事件”就最能說明問題。
1944年十月，參謀次長秦彥三郎和作戰課長服部卓四郎親赴馬尼拉，指示第十四方面軍將防守菲律賓的“捷一號作戰”計劃中原定的呂宋島決戰為萊特島決戰。從而促成了“萊特海戰”。美國參戰的有170艘軍艦，總噸位150萬噸，連同登陸用船隻總共900餘艘。日本海軍則是把包括戰列艦“大和”“武藏”號在內的所有能夠出動的軍艦全部押了上去，共77艘，總噸位66萬噸。雙方出動的作戰飛機加起來超過2000架。結果是“武藏號”等26艘日本海軍的軍艦長眠海底。
珍珠港，中途島，馬里亞納海戰都是使戰局發生巨大變化的大海戰，但是都沒有這次萊特海戰的意義重大。這次海戰，宣告了一支曾經是很強大的海軍的滅亡，這次海戰以後，所謂“大日本帝國海軍”就成為了歷史名詞。
這場海戰和瀨島龍三有直接關係。
1944年10月10日，“公牛哈爾西”帶了美國太平洋艦隊第三艦隊，突然對沖繩進行了攻擊，從12日開始對台灣的機場進行集中攻擊，其實這是為了準備在菲律賓的萊特島登陸而進行的佯動作戰，但大本營沒看出來。從12 日到15日，聯合艦隊的航空部隊和第二航空艦隊的轟炸機對哈爾西艦隊進行了反擊，從航空母艦上起飛的六百四十八架和從地面航空基地起飛的二百五十七架飛機參加了對哈爾西艦隊的攻擊。也就是所謂“台灣近海海戰”
據大本營19日發表的戰報說，光擊沉擊毀的美軍航空母艦就有19艘，戰列艦4艘，巡洋艦7艘，驅逐艦等15艘。其實呢？哈爾西的損失只是被擊毀了兩艘重型巡洋艦“休斯敦”和“坎培拉”而已。這場海戰在日本十分有名，有名的原因不是僅僅在戰果統計的荒唐，而是在於：有人知道了戰果統計荒唐，向大本營指出來了以後不但沒有人聽，反而被穿上小鞋，發配到前線去了。
發現戰果有水分的是參謀本部情報部的參謀堀榮三大尉，他去菲律賓出差正好路過九州的海軍鹿屋航空基地，親眼看到那些菜鳥海軍飛行員是怎麼胡亂判讀戰果,而基地的參謀們又是多麼胡亂統計，所以所謂的戰果根本就是荒唐無稽。堀榮三大尉立即回到新田原基地向參謀本部情報部部長有末精三大佐打電報報告了此事之後再去馬尼拉。一到馬尼拉的克拉克空軍基地，堀榮三大尉立即向十四方面軍的司令官山下奉文和參謀長武藤章報告了此事，這就是山下奉文和武藤章後來拼命反對大本營改變作戰計劃的原因。
山下奉文和武藤章相信了堀榮三的話，大本營為什麼就不相信呢？這是因為其本營不知道有這份電報，電報已被瀨島龍三少佐銷毀，因為瀨島不喜歡這份電報。用瀨島論文上的話來說就是他已經具有了“斷然的意志”，正在“迅速地貫徹於軍隊”，而且還捕捉到了“重創美軍哈爾西艦隊”這麼好的“戰機”。這個時候如何容許別的不調和音來干擾呢。所以，瀨島龍三少佐銷毀了那份電報。並且一不做二不休，乾脆把堀榮三就趕到菲律賓去當第14軍的作戰參謀去了。
所以當美軍第七艦隊兵臨萊特島時，陸軍參謀總長梅津美智郎和海軍軍令總長及川古志郎一起晉見天皇，說這次美軍的行動目的是“為了從政治上掩蓋台灣近海的失利而企圖儘早占領哪怕是菲律賓的一角”。日本歷史學家秦郁彥教授評論說：“這是陸海軍統帥部第一次如此迅速地同時做出了一致的判斷，只是，那是一次基於完全錯誤的情報的完全錯誤的判斷”。
在這種判斷下，1944年10月，日本和美國在菲律賓的萊特島外海進行了一次號稱是人類歷史上最大的海戰，可能也是人類歷史上最後一次大艦隊決戰。
這件事沒人知道。但是在1958年，在被拘留11年以後從西伯利亞回到日本的瀨島龍三還是找到了堀榮三，當面向他承認此事並賠罪。當然這次的賠罪其實可能另外還有原因。
1945年6月，離日本投降還有一個月的時候，瀨島龍三接到了一個在他一生中最重要的一次調動：任關東軍作戰參謀。這次調動有兩個原因，首先是敗戰就在眼前，而且蘇聯的參戰也不可避免，但關東軍作戰參謀是天皇的弟弟竹田宮，必須搶在蘇聯人前面把他調回東京，瀨島是去補缺的。再一個原因是瀨島已經被貼上了“敗戰主義者”的標籤，這是由於他和岡田啟介前首相以及迫水久常的親戚關係。是親戚總得走動，瀨島也知道岡田們一直被憲兵監視，把走動的次數減到了最低限度，一個月只走動個次把。但在憲兵和特高警察的眼裡，這就是“陰謀謀反”的嫌疑。確實瀨島在某種程度上為岡田提供了情報。
1945年4月的一天，迫水久常突然和瀨島聯繫，要求無論如何見一次面。兩人見面後迫水的第一句話就是：“本土決戰的勝利可能性到底有多少”。