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但是，實力上的客觀因素並不足以解釋武漢會戰的失利。某種程度上，主觀上的原因可能更為嚴重、更為深層次一些。這些原因大致主要體現在以下幾個方面。
首先，在戰爭指導思想上，國民黨當局一直執行片面的抗戰路線。這被普遍認為是國民黨軍隊在正面戰場屢遭失敗、失利的根本原因。抗戰爆發之初，毛澤東就強調指出，對付日本的進攻存在著兩種方針、兩套辦法、兩個前途。共產黨的方針是堅決抗戰，反對妥協退讓，主張採取全國軍隊和全國人民的總動員、實行民主等一整套辦法。而實行這一方針，採取這一整套辦法，"就一定得一個驅逐日本帝國主義，實現中國自由解放的前途"。毛澤東強調，"爭取抗戰勝利的中心關鍵，在使已經發動的抗戰發展為全面的全民族的抗戰。只有這種全面的全民族的抗戰，才能使抗戰得到最後的勝利"、"反對日本帝國主義侵略的戰爭而不帶群眾性，是決然不能勝利的"、"單純的政府抗戰，只能取得某些個別的勝利，只有全面的民族抗戰才能徹底地戰勝日寇"。國民黨當局卻並未採取如此全面、徹底的抗戰路線，儘管蔣介石不斷聲稱，"戰端一開，地無分南北，人無分老幼，皆有守土抗戰之責"，但正如毛澤東所尖銳指出的那樣，"國民黨對於它的用以進行片面抗戰的一黨專政及其對民眾的統制政策，還不願意作原則上的改變"、如此"不要人民群眾參加的單純政府的片面抗戰，是一定要失敗的。因為它不是完全的民族革命戰爭，因為它不是群眾戰爭"。
其次，會戰最高軍事指揮機構在作戰指導思想上死板僵硬、嚴重落後、錯判軍情、指揮失當，特別是採取了消極防禦的作戰方針，以步步為營的陣地消耗戰為主要作戰形式。既沒有將陣地戰與運動戰、游擊戰充分結合起來，在注重防禦的同時也沒有重視有利時機、有利地形下的反攻作戰，同時也沒有將內線和外線作戰很好的結合起來，特別是沒有組建強有力的機動野戰兵團，抓住敵人後方聯絡補給線較長、防守單薄的弱點於其側翼或後方進擊，分割包圍、各個擊破，攻勢防禦力度很弱，處處設防、處處被動挨打。致使作戰方法陳舊、呆板，面對強敵的優勢裝備和作戰能力，拼實力、拼消耗，而在某些作戰環節又計劃不周或反覆變更、組織不嚴密、用兵不當、有些行動準備不足而倉促混亂等等，結果，儘管中國軍隊基層官兵屢有浴血奮戰的壯舉，但作戰主動權常常落於尋機進攻的日軍之手，單線式的防禦常常造成一處被擊破，整個防禦戰線便大幅後退的狀況。在總結抗戰初期的作戰教訓時，毛澤東就一針見血地指出，"軍事上的失誤，也是喪軍失地的一個大原因"。他說，"我們不反對使用一部分兵力於正面，這是必要的。但主力必須使用於側面，採取迂迴包圍戰法，獨立自主地抗擊敵人，才能保存自己的力量，消滅敵人的力量"。
此外，國民黨軍隊內部派系林立、山頭四起，特別是蔣介石多年來刻意壓制、抑裁非嫡系勢力，致使軍隊戰鬥力大打折扣，戰略指導和戰役指揮體系混亂，作戰協同、協調差。作戰中常常發生一些將領為圖保存實力或其局部利益，而置戰局全局於不顧，各自行動、擅作主張、被動應付的事件，致使原本穩定的戰局發生不利的陡變。再加之國民黨軍隊內部腐敗橫行、內耗很大、軍紀不良、官兵對立、軍閥作風嚴重、官兵訓練不足、綜合素質低下、作戰能力很低。一些高級將領和部隊面對來勢洶洶的日軍鬥志不堅，甚至有危懼、退讓乃至貪生怕死、投降逃跑的心理，致使遭遇強敵違抗上級命令，不作堅決抵抗。如會戰期間，隸屬第9戰區的第18師師長李芳彬肩負半壁山防守之責，但拒不執行堅守陣地的命令，擅自後撤，使日軍輕鬆占領作戰要點。而此時李芳彬竟然與該師參謀長一道置眾多部下官兵生死於不顧，悄然離去，作了可恥的戰場逃兵。