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大戰之後閃焰隊解散，成員們只得自己另尋出路，大部分成員金盆洗手，和寶可夢過上了普通日子。閃焰隊的幹部們被捕入獄，迎接他們的是幾十年的牢獄生涯。
帕琦拉是卡洛斯家喻戶曉的人物：她是受觀眾喜愛的知名主持人，也是卡洛斯的火系天王。她入獄的消息震驚了整個卡洛斯，喜愛她的觀眾和訓練家無不為她惋惜。
帕琦拉在接受媒體採訪時時並無悔過之意，她有她想守護的人和想堅守的理想。她承認她的想法與主流觀點相悖，然而觀點並無對錯之分，她認為自己履行了對弗拉達利的承諾，盡到了閃焰隊幹部的職責。
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【骷髏隊】
古茲馬解散了骷髏隊。大姐頭布爾美麗開始帶領部分隊員尋找新的生活方向，她自己也開始為未來奮鬥，最終挑戰了寶可夢聯盟。
解散後的骷髏隊成員開辦了呆呆獸尾巴燒烤連鎖店。他們的尾巴來路正規，燒烤醬汁濃郁，讓人唇齒留香。在小溪的購物中心裡，也能找到他們的尾巴連鎖店。
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【露莎米奈】
露莎米奈把虛吾伊德放歸究極空間，她的神經毒素徹底痊癒了，控制欲減弱，莉莉艾被允許穿她自己喜歡的衣服。她對被做成寶可夢感到愧疚，半是為了贖罪，半是為了將來能和莫恩合作，她把工作當成了人生的首要任務。
以太基金會每年都會救助上萬隻寶可夢，其中大部分寶可夢在身體恢復後回到自然，小部分被訓練家收養。布魯皇妹妹一家不願意被領養，一直留在以太基金會，小溪經常帶布魯皇回家探親。
以太基金會還和究極大都會合作，共同研究究極異獸。芭內特、扎奧博和碧珂將以太基金會組織得僅僅有條，研究員總能在核心期刊發表論文。
莫恩一直沒有找回記憶，露莎米奈也不願意驚醒他。她反省曾經的自己，年輕時的她控制欲太強，莫恩和她在一起時並不總是快樂的，莫恩現在生活得更幸福。她有意避開莫恩，不去打擾他的生活。可是五年後的一個下午，莫恩在與她商討合作時突然向她表白。
「聽說您的丈夫不在了，那您願意考慮我嗎？」他問，「我總覺得，要是我有妻子，那她一定是您這樣的。」
露莎米奈答應了他。她在親友們的祝福下，又一次與莫恩步入婚姻的殿堂。這一次兩人再也沒有分開。
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【莉莉艾和格拉吉歐】
與究極異獸的決戰讓莉莉艾變得勇敢，她開始了諸島巡禮。其間她收服了皮皮、花療環環和阿羅拉九尾，成為了妖精屬性訓練家。她克服了膽怯，報名參加了拉納基拉山的聯盟大會。雖然並沒有取得名次，但是戰鬥卻讓她加深了和寶可夢的牽絆。
她發現自己的興趣並不在對戰，她不喜歡寶可夢受傷；她的興趣在為寶可夢治療，她想要成為喬伊小姐那樣能治癒寶可夢身體創傷的人。
大會之後，就在她準備回家時，許久不見的小星雲突然出現。久別重逢，莉莉艾與它對戰後收服了它。她帶著小星雲等寶可夢在各個地區冒險。她們見到了許多未曾見過的寶可夢。幾年後她回到以太基金會工作，職業是寶可夢治療師。
為了變強，她的哥哥格拉吉歐在大戰後登上了駛往關都地區的豪華遊輪——聖特安努號。他挑戰關都地區的強大訓練家，從切磋中學習對戰技巧。他的氣質在一次次驚險的對決中發生了改變，唯一不變的是他的髮型。他最終回到阿羅拉，從母親手中繼承了基金會。
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【究極大都會】
究極大都會重新獲得了光明，阿瑪茉和達爾斯在領導人西奧尼拉的指揮下，與索爾迦雷歐和露奈雅拉一同參與重建。新城市中沒有高塔，建築物摒棄了黑色的外牆和稜角分明的風格。居民們為光輝大神召開了追思會，歌頌光明，反思歷史，感謝神的原諒。
阿瑪茉和達爾斯性格相去甚遠，然而一起冒險和工作的經歷讓兩人發現了彼此的重要性。他們最終結婚生子。阿瑪茉懷念阿羅拉的自然風光和寶可夢，和達爾斯乘坐露奈雅拉返回阿羅拉，在此定居。兩人在以太基金會工作，研究和調查未知的究極異獸。
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【庫庫伊和芭內特】
聯盟落成，庫庫伊發表了講話，並以選手身份參加第一屆大會，毫無懸念地取得了冠軍。之後的兩年，他以冠軍的身份挑戰參賽者。第一年，小智與莎莉娜道別後來阿羅拉冒險，在聯盟大會中戰勝了庫庫伊。第二年，庫庫伊輸給了阿羅拉的新人訓練家美月。他將冠軍的職務交給了美月，做回了寶可夢博士。
為了不打破芭內特對皇家蒙面人的美好幻想，他小心翼翼地隱藏自己的馬甲。但某次與島嶼之王聚餐時，庫庫伊不慎喝醉，回到家後整理衣櫃時，他將皇家蒙面人的面具扔進了全家共用的髒衣袋。芭內特這才發現男神和丈夫是同一人。她的幻想非但沒有破碎，反而成了真。
很快芭內特懷孕，生下一位長相酷似庫庫伊的男孩。男孩被取名為「雷伊」，意思是「阿羅拉的花環」，也有「親愛」之意。
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【島嶼之王】
島嶼之王哈拉、默丹和島嶼女王麗姿繼續保護島嶼的安全，教導新人訓練家。庫庫伊邀請三位島嶼之王擔任寶可夢聯盟的四天王，默丹不喜歡熱鬧，懶得在眾人面前表演，因此拒絕了庫庫伊；哈拉和麗姿分別成為了新聯盟的格鬥系和岩石系天王。哈拉退休後，他四天王的職責被馬睿因代替。
帕琦拉是卡洛斯家喻戶曉的人物：她是受觀眾喜愛的知名主持人，也是卡洛斯的火系天王。她入獄的消息震驚了整個卡洛斯，喜愛她的觀眾和訓練家無不為她惋惜。
帕琦拉在接受媒體採訪時時並無悔過之意，她有她想守護的人和想堅守的理想。她承認她的想法與主流觀點相悖，然而觀點並無對錯之分，她認為自己履行了對弗拉達利的承諾，盡到了閃焰隊幹部的職責。
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【骷髏隊】
古茲馬解散了骷髏隊。大姐頭布爾美麗開始帶領部分隊員尋找新的生活方向，她自己也開始為未來奮鬥，最終挑戰了寶可夢聯盟。
解散後的骷髏隊成員開辦了呆呆獸尾巴燒烤連鎖店。他們的尾巴來路正規，燒烤醬汁濃郁，讓人唇齒留香。在小溪的購物中心裡，也能找到他們的尾巴連鎖店。
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【露莎米奈】
露莎米奈把虛吾伊德放歸究極空間，她的神經毒素徹底痊癒了，控制欲減弱，莉莉艾被允許穿她自己喜歡的衣服。她對被做成寶可夢感到愧疚，半是為了贖罪，半是為了將來能和莫恩合作，她把工作當成了人生的首要任務。
以太基金會每年都會救助上萬隻寶可夢，其中大部分寶可夢在身體恢復後回到自然，小部分被訓練家收養。布魯皇妹妹一家不願意被領養，一直留在以太基金會，小溪經常帶布魯皇回家探親。
以太基金會還和究極大都會合作，共同研究究極異獸。芭內特、扎奧博和碧珂將以太基金會組織得僅僅有條，研究員總能在核心期刊發表論文。
莫恩一直沒有找回記憶，露莎米奈也不願意驚醒他。她反省曾經的自己，年輕時的她控制欲太強，莫恩和她在一起時並不總是快樂的，莫恩現在生活得更幸福。她有意避開莫恩，不去打擾他的生活。可是五年後的一個下午，莫恩在與她商討合作時突然向她表白。
「聽說您的丈夫不在了，那您願意考慮我嗎？」他問，「我總覺得，要是我有妻子，那她一定是您這樣的。」
露莎米奈答應了他。她在親友們的祝福下，又一次與莫恩步入婚姻的殿堂。這一次兩人再也沒有分開。
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【莉莉艾和格拉吉歐】
與究極異獸的決戰讓莉莉艾變得勇敢，她開始了諸島巡禮。其間她收服了皮皮、花療環環和阿羅拉九尾，成為了妖精屬性訓練家。她克服了膽怯，報名參加了拉納基拉山的聯盟大會。雖然並沒有取得名次，但是戰鬥卻讓她加深了和寶可夢的牽絆。
她發現自己的興趣並不在對戰，她不喜歡寶可夢受傷；她的興趣在為寶可夢治療，她想要成為喬伊小姐那樣能治癒寶可夢身體創傷的人。
大會之後，就在她準備回家時，許久不見的小星雲突然出現。久別重逢，莉莉艾與它對戰後收服了它。她帶著小星雲等寶可夢在各個地區冒險。她們見到了許多未曾見過的寶可夢。幾年後她回到以太基金會工作，職業是寶可夢治療師。
為了變強，她的哥哥格拉吉歐在大戰後登上了駛往關都地區的豪華遊輪——聖特安努號。他挑戰關都地區的強大訓練家，從切磋中學習對戰技巧。他的氣質在一次次驚險的對決中發生了改變，唯一不變的是他的髮型。他最終回到阿羅拉，從母親手中繼承了基金會。
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【究極大都會】
究極大都會重新獲得了光明，阿瑪茉和達爾斯在領導人西奧尼拉的指揮下，與索爾迦雷歐和露奈雅拉一同參與重建。新城市中沒有高塔，建築物摒棄了黑色的外牆和稜角分明的風格。居民們為光輝大神召開了追思會，歌頌光明，反思歷史，感謝神的原諒。
阿瑪茉和達爾斯性格相去甚遠，然而一起冒險和工作的經歷讓兩人發現了彼此的重要性。他們最終結婚生子。阿瑪茉懷念阿羅拉的自然風光和寶可夢，和達爾斯乘坐露奈雅拉返回阿羅拉，在此定居。兩人在以太基金會工作，研究和調查未知的究極異獸。
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【庫庫伊和芭內特】
聯盟落成，庫庫伊發表了講話，並以選手身份參加第一屆大會，毫無懸念地取得了冠軍。之後的兩年，他以冠軍的身份挑戰參賽者。第一年，小智與莎莉娜道別後來阿羅拉冒險，在聯盟大會中戰勝了庫庫伊。第二年，庫庫伊輸給了阿羅拉的新人訓練家美月。他將冠軍的職務交給了美月，做回了寶可夢博士。
為了不打破芭內特對皇家蒙面人的美好幻想，他小心翼翼地隱藏自己的馬甲。但某次與島嶼之王聚餐時，庫庫伊不慎喝醉，回到家後整理衣櫃時，他將皇家蒙面人的面具扔進了全家共用的髒衣袋。芭內特這才發現男神和丈夫是同一人。她的幻想非但沒有破碎，反而成了真。
很快芭內特懷孕，生下一位長相酷似庫庫伊的男孩。男孩被取名為「雷伊」，意思是「阿羅拉的花環」，也有「親愛」之意。
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【島嶼之王】
島嶼之王哈拉、默丹和島嶼女王麗姿繼續保護島嶼的安全，教導新人訓練家。庫庫伊邀請三位島嶼之王擔任寶可夢聯盟的四天王，默丹不喜歡熱鬧，懶得在眾人面前表演，因此拒絕了庫庫伊；哈拉和麗姿分別成為了新聯盟的格鬥系和岩石系天王。哈拉退休後，他四天王的職責被馬睿因代替。