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當發掘人員清理到第十一層時，發現一條兩邊對摺的錦被。打開錦被，萬曆皇帝的屍骨顯露出來。一個令大家猜測了兩年的謎，終於揭開了。
這已不是保存完好的屍蠟，而是一具形貌可怖的骷髏。這位“大行皇帝”靜靜地躺在一床錦被上，骨架頭西腳東，毫無血肉的面頰稍向南偏，左臂下垂，手壓在腹部，細長的手骨攥著一串念珠，像在祈禱神靈的保佑。右臂向上彎曲，手放在下頜附近，一縷黃褐色鬍鬚掛在唇邊，似在悠然自得地捋著鬍鬚，暢談軍國大事，這個姿勢顯然是入葬時人為擺設而成。脊柱上部稍有彎曲，左腿伸直，右腿微屈，兩腳向外撇開。身穿的龍袍大都腐爛，腰部束一條玉帶，頭戴“翼善冠”，髮髻梳理完好，足登高筒長靴，褲腳裝在靴子內。上身打扮像是一位儒士，而下身及長靴又給人一種武士的感覺。如此文武兼備的服飾，在其他陵墓的出土中很少見到。
根據兩位皇后和萬曆帝的骨架情形來看，明代帝後的葬式，似乎比較隨意，並無特別之處。這位一生享盡榮華富貴，精神卻備受磨難的皇帝，在地下生活了338年之後，終於又返世還陽了。假如他的靈魂真的活著，面對人世滄桑，又該想些什麼？
他所駕馭的帝國古船已經沉淪，他所鍾愛的女人早已化為灰土，就連取其祖宗基業而代之的大清帝國，也已成為昨天的故事。歷史就是這樣造就著一切，又毀滅著一切。大江滾滾東去，浪淘盡千古風流人物！
萬曆的屍骨被輕輕地拿出棺外。經北京口腔醫學院教授周大成鑑定，根據萬曆皇帝及兩位皇后的口腔和牙齒狀況，做出如下結論：
萬曆的口腔疾患較複雜，除患過嚴重的齲齒和牙周病之外，還有楔狀缺損、氟牙症、偏側咀嚼等症。孝靖後亦有很多齲齒和中等程度的牙周病，只有孝端後的牙齒比較健康。
三個頭骨所具備的共同特點是，牙齒的磨耗程度非常輕微，有的牙齒幾乎看不出磨耗的痕跡。據我國出土的一些材料證明，無論是北京猿人、山頂洞人、新石器時代人以及戰國時代人的牙齒頜面磨耗都相當嚴重，這與他們的食物粗糙是分不開的。而這三個頭骨牙齒的頜面費耗如此輕微，足以說明他們的食物極為精細。也正是過細的食物，造成了他們的齲齒和牙周病。
第二個特點是，萬曆及孝靖後的一些牙齒上都有楔狀缺損，這是由於刷牙方法不合理所致。可見當時宮廷里使用牙刷已相當普遍。
厭世皇帝地宮現身(4)http://book.sina.com.cn 2007年09月13日 00:04
連載:考古中國：定陵地下玄宮洞開記 作者：岳南 楊仕 出版社:海南出版社
第三個特點是萬曆的氟牙症。中國最早的氟牙症化石實物是1978年5月在山西和河北交界處的許家窯村發現的。這是屬於舊石器時代中期的三個人牙化石，上面都有明顯的黃褐色小窩及斑點。據了解，今天生活在那裡的人，仍然都患有氟牙症。許家窯村人的氟牙症和萬曆帝的氟牙症極為相似。這在我國古代口腔疾病史上是一項重要發現，淵源有待進一步查證。
北京市公安局刑事科學技術研究所對萬曆和孝靖皇后殘存的頭髮進行了鑑定，結論如下：
萬曆一束，孝靖一束。
萬曆一束為生前梳理時的脫髮，一束為屍體上所留。孝靖亦為屍體所留。
萬曆帝頭髮血型為AB型。
孝靖後頭髮血型為B型。
註：孝端後殘存頭髮，同屍骨一起毀於“文化大革命”，無從查證。
經中科院古脊椎動物與古人類研究所研究人員對萬曆屍骨的復原得出結論：
萬曆生前，體形上部為駝背。從骨骼測定，頭頂到左腳長1.64米
國寶！國寶！！！(1)http://book.sina.com.cn 2007年09月13日 00:04
連載:考古中國：定陵地下玄宮洞開記 作者：岳南 楊仕 出版社:海南出版社
發掘人員揭開萬曆皇帝屍骨下已腐爛的錦褥，一個新的奇蹟出現了。巨大的棺內整齊密集地排列著一層織錦匹料，其色彩之絢麗、質地之華貴，前所未見。更撼人心魄的是，這層織錦品多達69卷。如此規模龐大的殉葬織錦珍品，不只國內前所未有，即使在世界上也屬罕見。
織錦各自成卷，在兩端和中間又各用一道絲線捆住，稱作“腰封”，中間捆線分開作人字形狀。人字形捆線下方大都貼有方紙，紙上貼有織品的名稱、產地、匠作及織造年月，如：
上用月白暗蒼龍雲肩通
袖龍欄直身袍暗線……
……雲地熟綾一匹長
五丈五尺四寸龍領全
南京供應機房織造
有的在年月上方蓋有朱紅色印章。由於長期埋於地下，紙上的文字已模糊不清，發掘人員想盡辦法，但能辨認出來的仍是少數。
明代的織錦業，在中華紡織工業史以及工藝美術史上，都曾大放異彩，占有輝煌的篇章，並以其織工精細、色彩艷麗、品種繁多著稱於世。明代資本主義的萌芽，首先表現在紡織業，它幾乎把古代紡織技術推向了頂峰。但是，隨著時間的流逝，明代織錦品幾乎損毀殆盡，存留至今的實物已是鳳毛麟角。博物館、研究所和收藏家偶有收藏，又多系袍服剪裁下的零星碎品，原裝成匹的明代織錦已近絕跡。新中國成立以後的明代織錦品研究者只有到佛經封皮上去撿拾漸已霉爛的殘片加以探究和考證了。