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他與錢謙益有故舊，錢謙益多次前往金華對他進行策反。
到南京之後，明軍大舉進攻江南，他知道形勢逆轉，也就半推半就的上了復明勢力的船，但他是個謹慎的人，局勢不明朗的情況下，絕對不會輕易表態，也不輕易留下任何把柄，本質上算是個騎牆派。
博洛敗回南京後，他知道局勢大變，江南估計要變天，他對復明運動便開始熱心起來，開始與心腹屬下溝通，準備臨陣倒戈，可關鍵時刻，聯繫他的錢謙益卻被關押起來。
聽到南城已經塌了，馬進寶心中焦慮，這要是明軍打進城來，他完全沒幫上忙，那就是一員俘將，被不被殺不好說，官肯定是沒得做了。
「將軍，有人從後門進來，要見將軍！」
馬進寶焦慮的走到門口，一名軍官急匆匆的從裡面出來，看見他後，附耳說道。
哦？這個時候有誰會見他，馬進寶臉色一變，忙開口道：「人在哪裡？帶我去見！」
當下他與那軍官急步往鑄炮坊內走，不多時，就來到了一間房外。
他推門進去，見一身穿道服，裹著方巾，外罩頭紗的男子，正做在正堂座邊。
來人正是侯方域，最後時刻，洪承疇陷在南城，他已經沒必要隱瞞身份，因而提前換上了故國衣冠，似乎又找回了當年江南四公子的風采。
「馬總兵！」侯方域見人進來，當即站了起來，微微拱手。
馬進寶看見來人一身明服，心頭一喜，臉上已經露出了笑意，但看清來人，他的笑意卻硬是被憋了回去，轉為驚訝，「侯參議？」
侯方域見他一下緊張侷促起來，明白他內心的驚駭，為了打開他的疑慮，便直接進入主題，「馬總兵不要慌張。」
說著他站起身來，注視馬進寶，「鄙人先自報家門。」他說著將一塊令牌取出，遞給他道：「天地會青木堂堂主，大明朝兵部職方郎中，正是鄙人。」
馬進寶看了看令牌，他不是天地會的人，自然看不出什麼門道，侯方域是洪承疇的親信，他豈能輕易相信。
馬進寶目光往裡屋瞟了瞟，似乎是想看裡面有沒有埋伏人手。
「本將有些不明白侯參議的意思！」他將令牌看了看，冷臉丟了回來。
作為一個合格的騎牆派，切記不到關鍵時刻，沒有十足把握，絕對不能輕易表態。
侯方域似乎早料到了這一點，他接過令牌，緊接著又遞出一封信和一把摺扇，然後正色說道：「馬總兵該認識這個。其實清兵要是想要拿你，何須如此，只要他們覺得你存在隱患，你便早如牧齋公一般，被丟入府學軟禁起來，不會麻煩我親自過來。」
這句話把馬進寶說動了。
現在的情況，以洪承疇的疑心，只要覺得他不可靠，多半早已下了他的兵權，直接丟入獄中。
馬進寶聽他這麼說，疑惑的接過信和摺扇，他先打開扇子，上面一副山水畫，提著一行小詩，他面上一愣，這是弘光朝時，錢謙益擔任禮部尚書，東林黨勢力龐大，他為了巴結東林，送給錢謙益之物，據說是唐寅之物。
他見此微微正色，忙打開信一看，正式錢謙益的手筆，讓他幫助侯方域反清，為明軍打開城門。
馬進寶看完，心裡的疑惑頓解，忙將東西還給侯方域，然後後退幾步，鄭重的行禮，「罪將，願意聽大人調遣。」
侯方域上前將他扶起，問道：「馬總兵能調動多少人？」
「一千人！」馬進寶道：「我本來有四千多人馬，可前些天已經被調走了三千人。」
侯方域點點頭，「一千人，再加上天地會的人，足夠了！時間緊急，你立刻去集合人馬。」
馬進寶聽了忙轉身出去，這時裡屋出來幾名漢子，都穿著綠營的衣甲，連忙也給侯方域套上一套，然後急步出屋。
西城外，炮擊仍在繼續，火炮不停的朝城池發動轟擊。數萬雄兵立在炮陣之後，蓄勢待發。
今日，明軍必破此城！
半個時辰後，估計著清軍主力已經被吸引到南城，西城外的炮擊停止，立馬於陣前的劉順高舉戰刀，厲聲喝道：「進攻！」
「兒郎們！光復南都，為君父雪恥！」領軍的軍官們放聲大呼，身先士卒之前，朝著西城三山門衝去！
數萬士兵如潮水一般涌動，黑壓壓一片，全都壓了過去！
城頭上，聽到戰鼓和號角的清軍士卒站起身來，弓箭上弦，城後的砲車，裝好了石彈準備發射。
這一次攻打三山門，然而也是為了掩護水門，但是卻比東城南城投入的兵力都多，因為水門畢竟是水門，關鍵還是突破水門後，能打開三山門，放大軍入城。
明軍按部就班，俘軍搭設浮橋，三萬大軍，近百台攻城器械，一起猛攻。
明軍渡過浮橋，士卒鋪面城下，就儼如一幅巨大的白色地毯，在大地上起伏前進，軍隊士氣高昂，殺氣沖天。
大將劉順騎在戰馬之上，用戰刀一指城池，「前進！」
「咚咚咚！」
振人心魄的戰鼓響徹天地，每個千人隊中間豎起了十幾座木製攻城塔，士卒推著滾滾前進，近百輛巢車和雲梯，洞屋也開始向城牆殺去。
「快！滾木運上來……」
「砲車在幹什麼，準備放！」
城頭上也鼓聲大作，金礪眼睛通紅，吼叫聲連連。