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在南宋時，瓜州渡的重要性，不言而喻，失了瓜州渡，就基本表示北兵要過江了。
瓜州渡在揚州之南，洪承疇在此設立了炮台，同南面的鎮江炮台配合，以此來保障大運河的通常，但此時瓜州渡的炮台和鎮江炮台，已經隨著洪承疇將鎮江兵力撤往南京，也跟著向南京方向運動，大炮被運到了南京對面的瓜步山，控制南京附近的江面。
除此之外，在秦淮河口，定淮門的沙洲上，洪承疇也建造了一處炮台。
這河口炮台在西，瓜步山炮台在東，正好阻止了明軍水師，殺入秦淮河，以及威脅南京北段瀕臨長江的城牆。
現在清軍憑藉兩座炮台控制南京城外的北段江面，多鐸從江北不斷把清兵送入南京，那明軍這一戰就基本沒得打了。
此時，這兩座炮台，就成了明軍必攻之地，清軍必保之所。
如果明軍打下兩座炮台，水師便可控制江面，將南京與外界的聯繫，徹底斬斷，而清軍保下兩座炮台，就可以從江北，得到源源不斷的支援，遲早把王彥拖垮在南京城下。
有鑑於此，洪承疇派出正白旗甲喇額真孫有光鎮守河口炮台，瓜步山炮台，則派遣參將祖澤遠鎮守。
這兩人都不是一般的將領，祖澤遠乃是祖大壽的從子，多有戰績，用的放心，而孫有光則是大漢奸孫得功的後人。
當初孫得功叛變，致使王化貞全軍瓦解，劉渠戰死，遼事崩壞，而有這筆帳在，他的後人，便別想著重歸明朝，若是落入明軍之手，肯定少不了清算。
洪承疇用他們，也並非說這兩人能力有多強，關鍵是他們的身世足夠可靠，在眼下人心動盪之時，一般的綠營將領，洪承疇難以安心，唯有這些沒退路的人，才能被委以重任。
在王彥兵臨南京之後，洪承疇就預料到明軍必然要先奪炮台，所以派人再三叮囑兩人，在炮台上多準備器械，堅固營壘，務必堅守。
這二人得了吩咐，知道事情重大，不敢怠慢，遂即按著吩咐來辦，在炮台上廣置土袋，壘起土牆，把炮台打造成了一座堡壘，上面準備了充足的弓箭和火藥，企圖頑抗。
明軍水師，進抵南京城外後，曾經嘗試著攻擊炮台，但是清軍的火炮卻前所未有的犀利，甚至還超過了不少明軍自鑄的火炮，明軍火炮轟擊在炮台上，不過削他一堆磚，濺起一團土，而清兵的炮彈若是擊中水師戰船，那就是木屑飛濺。
水師試探了幾次，損失近百人，便撤了下來。
劉順與甘輝立功心切，自請攻打炮台，議事結束後，便各自返回營中安排人馬。
王彥也準備人馬，攻打南京外郭。
外郭城對明軍來說，基本沒有什麼難度，因為外郭城實在太大，即便南京有五萬多人，依然無法防守，一百八十餘里的外郭城，洪承疇只留下少數兵馬看守江東橋，安德門等處，作為監視和牽制，並沒有守衛外郭的心思。
明軍營中，一時間運動起來，各鎮人馬枕戈待旦。
另一頭，南京城中的洪承疇亦動作頻繁，意圖消除南京城中的隱患。
隨著明軍兵臨城下，城中已經施行戒嚴，防守明顯加強，城中四處都有清軍巡邏盤查，以防止明軍細作與王彥裡應外合。
這樣的舉動，也確實收到了成效，清軍已經在城中抓捕了不下千人，除了一些有復明傾向的士紳外，許多以前在明朝做過官的人，或是明朝的勛貴，也被清兵抓捕，統統幽閉在南城的貢院和府學內，以防作亂。
除了這些有嫌疑的人外，粘杆處也在城中破獲了一個天地會的據點，捕殺數十名天地會高手，而從粘杆處破獲的情報來看，這個據點在南京以存在三四年時間，主要的任務就是負責策反降清的漢官，以及綠營將領。
天地會的據點在城中活動多年，而且就在洪承疇的眼皮底下，這讓他極為震驚，如坐針毯。
江寧城，原來明朝錦衣衛北鎮撫司的大牢，現在清廷粘杆處關押要犯之所。
這種地方，陰暗又潮濕，惡臭撲鼻，除了等死的囚犯，看守大牢的士卒都不願意多待，更加不要說上面的大官了。
此時晦暗的通道內，洪承疇卻放著城防不管，同博洛領著幾名官員來到了大牢內。
他不能不來，不來，他心中難安。
洪承疇自身就是叛投清廷的人，他心理上自然也擔心、害怕有人要背叛他。
南京城堅，王彥就是死命攻打，一時半會也打不下來，而相比於外敵，這個老狐狸知道內部的隱患，要比外面的王彥更加可怕。
武昌、漳州，這樣的堅城，都是因為內部叛亂，才被明軍攻下，所以洪承疇十分注重江寧內部的團結，務必要將有復明傾向的人，都揪出來，消除隱患。
這時洪承疇與博洛領著幾名官員在晦暗潮濕的地牢中走著，不時可以聽到清脆的皮鞭聲，一鞭一鞭的傳來，顯得格外的陰森恐怖。
博洛先進，一身黑色官袍，戴著碗帽的洪承疇，不怒而威，他也低頭彎腰跨進一間刑房，裡面的獄卒、看守立刻上前，跪地行禮，「小的們見過王爺、總督，以及幾位大人。」
洪承疇四下張望，沒有說話，旁邊博洛低頭仔細看了看自己的衣服，用手拂了拂上面的灰塵，似乎很嫌棄這個地方，半晌後抬頭說道：「招供沒？」