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4年後，一切都發生了變化。一份簡潔得像謎一樣的遺囑附錄，撤銷了早先說好留給愛麗斯的那份遺產：「我在原來的遺囑中曾允諾、同意、證實或指派給我妻子的所有一切，現在皆因公正與更大的事業，全部撤消，宣布無效。僅將她以妻子權利所應當得到的給予保留。」
英國法律要求必須給遺孀留下一定數額的財物。弗朗西斯照此辦理，除此之外，什麼都沒有給愛麗斯。那麼，所謂「公正與更大的事業」究竟是什麼呢？是不是弗朗西斯發現了自己的妻子做了什麼見不得人的勾當？
弗朗西斯去世前的第11天時，愛麗斯與他們家的門房紳士結婚了。
1626年4月初的一天，也就是弗朗西斯修改了自己遺囑的第二年，一個春意盎然的日子，空氣潮濕而涼爽，地上還有未化的積雪，弗朗西斯在一個叫威特伯恩的蘇格蘭醫生的陪護下，從倫敦出來，搭乘一輛四輪馬車，朝市郊走去，那裡有更好的空氣。突然，奧伯雷在《短暫一生》中這樣寫道，「弗朗西斯的腦子裡有什麼念頭一閃，肉能不能像在鹽中儲藏那樣，儲藏於雪中也不壞呢？」衝動之下，培根叫馬車老闆在一家農舍門前停下來。他下車敲門，然後跟屋裡的人說，他想買只小雞。屋裡的女主人當場給他宰了只雞，培根於是弄來一些雪，給雞裹上，他要進行冷凍實驗。突然，一股冷冷的感覺攫住了他，他一下子病倒了，不能往家趕路了。他讓車老闆把他送到附近，他的朋友阿倫戴爾伯爵家中。
這時的阿倫戴爾正因為安排自己的兒子秘密地娶了一位王室里的姑娘，在塔樓里遭囚禁。培根知道阿倫戴爾不在家。阿倫戴爾的忠實管家迎接了這位不速之客，馬上準備床鋪讓他休息。然而，這床已經快有一年沒人睡了，很潮濕。由於身體著了涼，加上床榻又潮又冷，結果，弗朗西斯感冒了，並發起高燒。他很快就離開了人世。那天是1626年4月9日，正是復活節的早晨。至於那位隨同前往的蘇格蘭醫生，也從此杳無音信。
躺在潮濕的床上，弗朗西斯給沒有在家的男主人寫了封信：「把威蘇威火山灰拿來實驗的老凱爾斯·普利牛斯因為科學實驗而丟了性命，我可能很幸運地與他一樣，在做冷凍實驗時，丟掉自己的老命。」
在培根的遺囑中，他要求把自己葬在離聖奧爾本斯不遠的聖邁克教堂里。他有自己的理由：「我母親就埋在那裡，……那裡也是惟一的基督教堂。」弗朗西斯要求把他葬在安妮·培根夫人所在的教堂里，她是惟一沒有離棄他的人。
但沒有人找到過他的棺柩。20世紀初，當時的維魯拉姆伯爵跟聲望顯赫的培根研究專家亨利·波特夫人說，他借自己父親也準備掩埋在那個教堂的當兒，把理應掩埋弗朗西斯的地方細細地檢查了一番，仍然沒有找到弗朗西斯·培根的棺柩。
過去有人說，弗朗西斯是被埋在他忠實的秘書托馬斯·默迪給他立的雕像下面。但很奇怪，那個雕像上的原始文字都被清除掉了。傳記作家富勒女士指出，雕像上刻的字是「坐在此處」，而沒有刻成「長眠於此」。她還說，最近的一次挖掘證明，沒有看到墳冢的存在。弗朗西斯的後人們也堅持說，他沒有被埋葬在那裡。相關的下葬記錄丟失不見了。至於他的葬禮是怎樣舉行的，就更無從談起了。
有可能的是，根據十字會的要求，人死後不能掩埋在墳冢之中，被人發現，而應該「掩埋在無人知道的地方」，這樣，他們的善行就會被記錄在天堂里，而不是在地上。培根是「玫瑰十字會」成員，他在第一次寫的遺囑上，就已經明確表示，要「將自己的遺體秘密地掩埋起來」，將自己的名字「留給後世和全世界」。
「玫瑰十字會」的「哲學意義上的死亡」，是離開這個世俗世界，而不是身體上的真正死亡。如此「死去」的人，事實上是將自己隱藏於一個秘密的地方，進行深刻思考，或者繼續自己的工作，不被人發現。許多深入調查者相信，弗朗西斯就是這麼做的。他佯裝死去，實際上卻喬裝離開了英國，跨過大海，到一個對自己更為友好的國家去了。
尤其有趣的是，就在培根被認定死亡之時，他最親密的秘書托馬斯·默迪卻在張羅出國旅行事宜。有人說，這個叫托馬斯·默迪的人是培根秘書的表弟，是同名不同人。對於這一點，我們沒有答案可尋。但如果培根真的成功地秘密離開英國的話，幾個親朋好友的支持與幫助是必不可少的。
這些事情發生後的兩個世紀，發現「字密碼」的歐文醫生和激進的培根研究專家普利斯考特博士都發現了密碼，其中就講到培根的失蹤：
「由於害怕查爾斯國王會加害於我，我於是佯裝死了，實際上是有人給我很多的鴉片讓我吃了下去。我於是被一張被單縫裹起來，送到了聖邁克教堂。但這時離我吃鴉片已經過去整整17個小時了。托馬斯·默迪爵士通過給我的直腸打藥，才使我甦醒過來。我穿著達拉威夫人侍女的衣服，從英國逃走了。」
這位達拉威夫人是弗朗西斯一個親戚諾利斯爵士的女兒，她嫁給培根的一個很親密的朋友，此人與培根當年在同一家移民公司。有人相信培根參加了自己的葬禮，他化裝成侍女，參加了自己的葬禮，然後才從人生舞台上謝幕走人。