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此時北伐的太平軍已進入山西，京畿告警。接到奏疏，咸豐立刻諭令四川、湖南、湖北三省速制戰船：“賊匪自攻陷金陵、揚、鎮三城以來，擄掠民船數已逾萬。我軍攻剿未能得手，皆由戰船無多，致令長江天塹無所控扼。……著裕瑞(時為四川總督)、張亮基(署湖廣總督)、崇綸(湖北巡撫)、駱秉章(湖南巡撫)等，於四川、湖廣等處仿照廣東拖罟船式，即雇覓工匠，共制戰船百餘只，每船約載兵五十名。均著剋期三月，一律齊備，以資調遣。”41由這道上諭我們知道，籌建水師的責任是三省督撫的，本來沒曾國藩什麼事。但他一感於老友的期望，二是他勇於任事負責的個性，三是他也確實意識到了水師的重要。練再多的鄉勇，若無水師，也只能讓獨擅舟船之利的太平軍拖垮，累垮。“現在兩湖地方，無一舟可為戰艦，無一卒習於水師，今若帶勇但赴鄂省，則鄂省已無賊矣;若馳赴下游，則賊以水去，我以陸追，曾不能與之相遇，又何能痛加攻剿哉?再四思維，總以辦船為第一先務。”42
攬上這個差事，是在十月二十四日，之前他研究製作木排，目的在於防堵太平軍由水路入湘。十月初五，因湖北形勢危急，上諭命他“趕緊督帶兵勇船炮，駛赴下游會剿，以為武昌策應”。43在回復的奏摺中，其論戰守形勢曰：“長江千里，任其橫行，我兵無敢過而問者。前在江西，近在湖北，凡傍水城池，莫不殘毀，皆由舟師未備，無可如何。今若為專保省會之計，不過數千兵勇即可堅守無虞;若為保衛全楚之計，必須多備炮船，乃能堵剿兼施。”而田家鎮一役，“一切戰船炮位，盡為賊有，現在兩湖地方，無一舟可為戰艦，無一卒能習水師”。“再四思維，總以辦船為第一先務。臣現駐衡州，即在衡城試行趕辦。……如果舟師辦有頭緒，即行奏明，臣親自統帶駛赴下游。”44這個話一說，督辦水師的責任就轉到他身上來了。
這道奏摺到咸豐手中，已經是十一月初七日，皇帝對他的見解很滿意，稱讚他“所慮俱是，汝能斟酌緩急，甚屬可嘉”。45但情勢的緊急卻由不得他從容行事。九月二十七日，北伐的太平軍前鋒已抵達天津靜海、獨流、楊柳青一帶;十月二十八日，湖北方面，太平軍捲土重來，石貞祥部再占黃州;二十九日，安徽方面，胡以晄、曾天養部攻占舒城，國藩故友，督辦安徽團練大臣、在籍工部侍郎呂賢基戰死，太平軍進逼臨時省城廬州(原省城安慶已被攻占)。十一月十日，江忠源趕到廬州布防，可帶去的兵勇僅二千七百人。清廷正以全力堵截北上的太平軍，極為擔憂安徽的太平軍與河南的捻軍合流，與天津的太平軍相呼應。十一月十一日，咸豐皇帝接受禮部左侍郎宋晉建議，以六百里加急的速度再下諭旨，指名要曾國藩率領已經招募的楚勇六千，“乘船順流東下，與江忠源會合，水陸夾擊，以期收復安慶及桐(城)、舒(城)等城，並可牽制賊匪北躥之路”。46
江忠源手中有多少兵，曾國藩此時募了多少湘勇，水師組建起來沒有，宋晉不明就裡;西征的太平軍兵力有多少，47他也不清楚。既不知己，亦不知彼，而是一廂情願地要二人收復安徽。可“現在兩湖地方，無一舟可為戰艦，無一卒習於水師”的狀況，皇帝是知道的。曾國藩縱有天大的本事，也不可能在半個月內趕辦出一支水師來，拿什麼“將皖省沿江賊船大加剿洗”呢?只能說明皇帝在危篤的形勢面前，已經亂了方寸，急火攻心，說胡話了。截至十一月底，曾國藩督造成的快蟹船，僅有十艘，而且油漆未乾，捻灰未固，根本還下不了水;而由廣東採購的船炮、招募的造船工匠，還在路上。至於所謂六千練勇，乃是先前為江忠源做的打算，48訓練、軍餉等還遠遠沒有跟上;且船隻短少，水勇亦無從招募訓練。故安徽事態再急，湖南也只能先派江忠浚帶楚勇一千赴援。曾國藩也只能硬著頭皮復奏：“統計船、炮、水勇三者，皆非一月所能辦就。……事勢所在，關係甚重，有不能草草一出者，必須明春乃可成行。且廣東購備之炮，張敬修雇募之勇，皆系奉肅清江面之旨而來者，臣若不督代同行，則殊失皇上命臣統籌全局之意，亦非臣與吳文鎔等四省合防之心。臣之斟酌遲速，規劃大局，不得不一一縷陳。”
看了曾國藩的復奏，明知他在理，咸豐無可如何，仍不免就其奏章的用詞，揶揄一番，以發泄滿肚子的悶氣。“今觀汝奏，直以數省軍務，一身克當，試問汝之才力能乎?否乎?平時漫自矜詡，以為無出己之右者，及至臨事，果能盡符其言甚好，若稍涉張皇，豈不貽笑於天下!著設法趕緊赴援，能早一步即得一步之益。汝能自擔重任，迥非畏葸者比，言既出汝口，必須盡如所言辦與朕看。欽此。”
其實，“統籌全局”云云，乃皇帝的指示，並非國藩自大。譬如，十月初二致駱秉章的上諭中便有“兩湖唇齒相依，漢(口)、黃(州)一帶，尤為鄂省門戶，該撫等自應不分畛域，一體統籌也”。51這個“等”裡面，自然也包括曾國藩。又如十一月十二日的上諭中，則明確說：“該侍郎忠誠素著，兼有膽識，朕所素知，諒必能統籌全局，不負委任也。”52
曾國藩見到皇帝的硃批，心裡的委屈、不平可想而知，他那“湖南騾子”式的倔勁兒又上來了，五天後便給皇帝上了道摺子，據理力爭，分五點為自己抗辯。
一、趕辦水師的諭旨，限期三個月，自己並未逾期。“自興工之日起，統計不滿八十日，晝夜催趕，尚不遲緩。”53已新造戰船九十號，改造百餘號，加上雇載的民船總計四百號，可於正月中旬完畢，所差者是在廣東購辦的船炮，船炮不到，不能起行。言外之意，即使逾時，責任在廣東而不在湖南。
二、掃蕩江面，克服安慶的諭令不現實，不可能。“查現在黃州以下，節節被賊占據，修城浚壕，已成負隅之勢，……若舟師東下，必須克復黃州，攻破巴河，掃清數百里江面賊蹤，乃克達於皖境，此則萬難之事，微臣實無把握。”54江忠源兵單勢危，自己則等候船、炮，沿途又必會遭太平軍的節節頑抗，“何能遽行掃清，直抵安徽?”球拋回給了皇帝，暗喻他不明形勢，一廂情願。
三、通盤籌劃數省軍務者，是各省督撫，而非他欲以一身克當。“三省合力防堵之說，系臣駱秉章與臣函內言之;四省合防之說，系臣江忠源與臣函內言之;待南省船炮到鄂，即與北省水師合力進剿，系臣吳文鎔與臣函內言之;……臣之才力固不能勝，臣之見解亦不及此，此系吳文鎔、駱秉章、江忠源三臣之議論。然舍此辦法，則南數省殆不可問矣。”55
四、湖南練勇，正在湘南剿匪，不可能馬上撤回。“目下桂屬正在搜捕之際，未便遽行更換;郴州、永興正在危急之際，不能不星速進剿。且待船將辦齊，炮將到齊，再將各勇撤回，帶赴下游。”56斷然回絕了皇帝要求他撤回剿匪的湘勇，進軍安徽的要求。暗喻皇帝不顧輕重緩急，在瞎指揮。
攬上這個差事，是在十月二十四日，之前他研究製作木排，目的在於防堵太平軍由水路入湘。十月初五，因湖北形勢危急，上諭命他“趕緊督帶兵勇船炮，駛赴下游會剿，以為武昌策應”。43在回復的奏摺中，其論戰守形勢曰：“長江千里，任其橫行，我兵無敢過而問者。前在江西，近在湖北，凡傍水城池，莫不殘毀，皆由舟師未備，無可如何。今若為專保省會之計，不過數千兵勇即可堅守無虞;若為保衛全楚之計，必須多備炮船，乃能堵剿兼施。”而田家鎮一役，“一切戰船炮位，盡為賊有，現在兩湖地方，無一舟可為戰艦，無一卒能習水師”。“再四思維，總以辦船為第一先務。臣現駐衡州，即在衡城試行趕辦。……如果舟師辦有頭緒，即行奏明，臣親自統帶駛赴下游。”44這個話一說，督辦水師的責任就轉到他身上來了。
這道奏摺到咸豐手中，已經是十一月初七日，皇帝對他的見解很滿意，稱讚他“所慮俱是，汝能斟酌緩急，甚屬可嘉”。45但情勢的緊急卻由不得他從容行事。九月二十七日，北伐的太平軍前鋒已抵達天津靜海、獨流、楊柳青一帶;十月二十八日，湖北方面，太平軍捲土重來，石貞祥部再占黃州;二十九日，安徽方面，胡以晄、曾天養部攻占舒城，國藩故友，督辦安徽團練大臣、在籍工部侍郎呂賢基戰死，太平軍進逼臨時省城廬州(原省城安慶已被攻占)。十一月十日，江忠源趕到廬州布防，可帶去的兵勇僅二千七百人。清廷正以全力堵截北上的太平軍，極為擔憂安徽的太平軍與河南的捻軍合流，與天津的太平軍相呼應。十一月十一日，咸豐皇帝接受禮部左侍郎宋晉建議，以六百里加急的速度再下諭旨，指名要曾國藩率領已經招募的楚勇六千，“乘船順流東下，與江忠源會合，水陸夾擊，以期收復安慶及桐(城)、舒(城)等城，並可牽制賊匪北躥之路”。46
江忠源手中有多少兵，曾國藩此時募了多少湘勇，水師組建起來沒有，宋晉不明就裡;西征的太平軍兵力有多少，47他也不清楚。既不知己，亦不知彼，而是一廂情願地要二人收復安徽。可“現在兩湖地方，無一舟可為戰艦，無一卒習於水師”的狀況，皇帝是知道的。曾國藩縱有天大的本事，也不可能在半個月內趕辦出一支水師來，拿什麼“將皖省沿江賊船大加剿洗”呢?只能說明皇帝在危篤的形勢面前，已經亂了方寸，急火攻心，說胡話了。截至十一月底，曾國藩督造成的快蟹船，僅有十艘，而且油漆未乾，捻灰未固，根本還下不了水;而由廣東採購的船炮、招募的造船工匠，還在路上。至於所謂六千練勇，乃是先前為江忠源做的打算，48訓練、軍餉等還遠遠沒有跟上;且船隻短少，水勇亦無從招募訓練。故安徽事態再急，湖南也只能先派江忠浚帶楚勇一千赴援。曾國藩也只能硬著頭皮復奏：“統計船、炮、水勇三者，皆非一月所能辦就。……事勢所在，關係甚重，有不能草草一出者，必須明春乃可成行。且廣東購備之炮，張敬修雇募之勇，皆系奉肅清江面之旨而來者，臣若不督代同行，則殊失皇上命臣統籌全局之意，亦非臣與吳文鎔等四省合防之心。臣之斟酌遲速，規劃大局，不得不一一縷陳。”
看了曾國藩的復奏，明知他在理，咸豐無可如何，仍不免就其奏章的用詞，揶揄一番，以發泄滿肚子的悶氣。“今觀汝奏，直以數省軍務，一身克當，試問汝之才力能乎?否乎?平時漫自矜詡，以為無出己之右者，及至臨事，果能盡符其言甚好，若稍涉張皇，豈不貽笑於天下!著設法趕緊赴援，能早一步即得一步之益。汝能自擔重任，迥非畏葸者比，言既出汝口，必須盡如所言辦與朕看。欽此。”
其實，“統籌全局”云云，乃皇帝的指示，並非國藩自大。譬如，十月初二致駱秉章的上諭中便有“兩湖唇齒相依，漢(口)、黃(州)一帶，尤為鄂省門戶，該撫等自應不分畛域，一體統籌也”。51這個“等”裡面，自然也包括曾國藩。又如十一月十二日的上諭中，則明確說：“該侍郎忠誠素著，兼有膽識，朕所素知，諒必能統籌全局，不負委任也。”52
曾國藩見到皇帝的硃批，心裡的委屈、不平可想而知，他那“湖南騾子”式的倔勁兒又上來了，五天後便給皇帝上了道摺子，據理力爭，分五點為自己抗辯。
一、趕辦水師的諭旨，限期三個月，自己並未逾期。“自興工之日起，統計不滿八十日，晝夜催趕，尚不遲緩。”53已新造戰船九十號，改造百餘號，加上雇載的民船總計四百號，可於正月中旬完畢，所差者是在廣東購辦的船炮，船炮不到，不能起行。言外之意，即使逾時，責任在廣東而不在湖南。
二、掃蕩江面，克服安慶的諭令不現實，不可能。“查現在黃州以下，節節被賊占據，修城浚壕，已成負隅之勢，……若舟師東下，必須克復黃州，攻破巴河，掃清數百里江面賊蹤，乃克達於皖境，此則萬難之事，微臣實無把握。”54江忠源兵單勢危，自己則等候船、炮，沿途又必會遭太平軍的節節頑抗，“何能遽行掃清，直抵安徽?”球拋回給了皇帝，暗喻他不明形勢，一廂情願。
三、通盤籌劃數省軍務者，是各省督撫，而非他欲以一身克當。“三省合力防堵之說，系臣駱秉章與臣函內言之;四省合防之說，系臣江忠源與臣函內言之;待南省船炮到鄂，即與北省水師合力進剿，系臣吳文鎔與臣函內言之;……臣之才力固不能勝，臣之見解亦不及此，此系吳文鎔、駱秉章、江忠源三臣之議論。然舍此辦法，則南數省殆不可問矣。”55
四、湖南練勇，正在湘南剿匪，不可能馬上撤回。“目下桂屬正在搜捕之際，未便遽行更換;郴州、永興正在危急之際，不能不星速進剿。且待船將辦齊，炮將到齊，再將各勇撤回，帶赴下游。”56斷然回絕了皇帝要求他撤回剿匪的湘勇，進軍安徽的要求。暗喻皇帝不顧輕重緩急，在瞎指揮。