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6月 移駐楚雄，處理姚州漢回互斗案。
7月 返回昆明。
以辦理雲南“回務”有功，得旨加太子太保，並賞花翎。
12月 道光帝諭令雲南、貴州、廣西、四川等省督撫，設法開採銀礦，增闢銀源。
本年飭令地方官府鎮壓了雲州、緬寧、順寧、永平、鄧川州等地各族人民起義或反抗鬥爭。
1849年 65歲
在雲貴總督任上。
春 整頓雲南礦廠，主張“招集商民，聽其朋資伙辦 ”。開採銀礦。
整頓銅政。維護“放本收銅”政策。
6月 雲南騰越廳卡外少數民族起義，飭令迤西官兵鎮壓。
7月 因病請假治療。
8月 以病情加劇，奏請開缺回鄉講治。
9月 道光帝下旨准予病免。
10月 扶病東歸。
1850年 66歲
2月 歸途至江西南昌，暫寓百花洲養病。
25日 道光帝死，奕詝繼位，改明號為咸豐元年。
4月 返抵福州、寓文藻山宅所。
5月 咸豐帝下詔求賢，潘世恩、孫瑞珍，杜受田先後上疏薦林則徐，穆彰阿阻撓。
6—10月 聯合福州市民，反對英人入城。整理舊稿，輯《雲左山房詩鈔》等。作《消暑隨筆跋》、《重修福清文廟碑記》，矚劉存仁校勘《西北水利》。
10月 咸豐帝下旨命林則徐為欽差大臣，馳驛前赴廣西。
11月5日 奉旨為欽差大臣，帶病從福州啟程，前往廣西鎮壓天地會起義。
11月16日 至廣東潮州，病情惡化吐瀉不止。
22日 死於普寧縣行館。
12月 咸豐帝下詔晉贈林則徐太子太傅，照總督例賜恤，任內一切處分，悉予開復。
7月 返回昆明。
以辦理雲南“回務”有功，得旨加太子太保，並賞花翎。
12月 道光帝諭令雲南、貴州、廣西、四川等省督撫，設法開採銀礦，增闢銀源。
本年飭令地方官府鎮壓了雲州、緬寧、順寧、永平、鄧川州等地各族人民起義或反抗鬥爭。
1849年 65歲
在雲貴總督任上。
春 整頓雲南礦廠，主張“招集商民，聽其朋資伙辦 ”。開採銀礦。
整頓銅政。維護“放本收銅”政策。
6月 雲南騰越廳卡外少數民族起義，飭令迤西官兵鎮壓。
7月 因病請假治療。
8月 以病情加劇，奏請開缺回鄉講治。
9月 道光帝下旨准予病免。
10月 扶病東歸。
1850年 66歲
2月 歸途至江西南昌，暫寓百花洲養病。
25日 道光帝死，奕詝繼位，改明號為咸豐元年。
4月 返抵福州、寓文藻山宅所。
5月 咸豐帝下詔求賢，潘世恩、孫瑞珍，杜受田先後上疏薦林則徐，穆彰阿阻撓。
6—10月 聯合福州市民，反對英人入城。整理舊稿，輯《雲左山房詩鈔》等。作《消暑隨筆跋》、《重修福清文廟碑記》，矚劉存仁校勘《西北水利》。
10月 咸豐帝下旨命林則徐為欽差大臣，馳驛前赴廣西。
11月5日 奉旨為欽差大臣，帶病從福州啟程，前往廣西鎮壓天地會起義。
11月16日 至廣東潮州，病情惡化吐瀉不止。
22日 死於普寧縣行館。
12月 咸豐帝下詔晉贈林則徐太子太傅，照總督例賜恤，任內一切處分，悉予開復。