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  泰倫、異蟲、星靈三方在柯普盧星區的軍隊為了控制行星阿提卡上的薩爾納加神廟而陷入混戰。其間，一些好戰分子為了某些個人目的也參與了這場混戰。

  凱莫瑞安聯合體的工作人員來到了一個荒涼的行星，希望能發掘一些有價值的遺蹟。在發掘過程中，他們發現了該行星居民失蹤的可怕真相。

  一個神經質的維京飛行員喬恩·迪勒上尉在一次武裝練習中攻擊了烏薩的無辜殖民者。而他的學生，韋斯·卡特則阻止了他瘋狂的殺戮行為。

  桑丁·福斯特，一位熟練的雷神駕駛員，同他的兩名忠實隊友一起勇敢的進入了瑪·莎拉的一處泰倫廢墟，在取得任務物品後，福斯特發現了一個以前從未被發現的秘密。

  星際紀元2503年

  帝國科學家捕獲了星靈執政官穆瓦丹，並對其進行實驗，以此來獲取星靈靈能完全形態的信息——卡拉。由瘋狂的斯坦利·鉑金斯博士率領，研究人員使用了各種違反倫理道德的手段來研究靈能。

  考古學家傑克·拉姆西對一座薩爾納加神廟進行了研究，但情況很快失去了控制，傑克受到了一個神秘的星靈守護者影響，他的思維與之融合，無數星靈的歷史記憶從他腦海里湧現出來。

  傑克·拉姆西繼續來到艾爾行星進行探險，在腦海中的星靈守護者指令下，他發現了行星地下的暗影迷宮，發現了一個或許可以拯救宇宙的神聖水晶。

  一些受過神秘訓練的帝國幽靈開始失蹤。諾娃·特拉從幽靈軍校畢業，開始調查失蹤事件，並發現了一個恐怖的秘密。

  傑克·拉姆西在穿越艾爾行星的薩爾納加傳送門時同保鏢羅斯瑪麗·達爾分開，羅斯瑪麗被薩古拉斯部分星靈流亡者殺死。但傑克仍然不知去向。傑克在時間耗盡之前將星靈保護者從自己的思維里分離了出去，否則兩者都將死亡。

  莫比斯基金會的一個調查隊，調查了一座科普盧星區的薩爾納加建築。在研究中，這些科學家發現了一股潛伏在古代遺蹟中的黑暗力量。

  科林從帝國的收割者部隊退役後打算開始自己的新生活，但是他難以擺脫過去的麻煩，因為一名前隊友不期而至……

  一名夜總會歌手斯塔里·蕾絲發現自己正處於帝國和凱莫瑞安聯合體外交紛爭的中心

  星際紀元2504年

  心灰意冷的吉姆·雷諾回到了瑪·薩拉，日復一日地與內心的挫敗感鬥爭。

  艾薩克·懷特是帝國軍重武裝劫掠者部隊中的一員，奉命去救援一隊被海盜攻擊的凱莫瑞安聯合體礦工。但隨著局勢的發展，懷特救援任務的真相漸漸地顯露出來：那是一次機會，讓他消除記憶深處的恐懼的機會，那恐怖的記憶從他在凱聯之戰中當炸彈專家以來就一直折磨著他。

  在接近四年的沉寂之後，刀鋒女王和她的蟲群再一次在科普盧星區肆虐。在紛飛的戰火中，吉姆·雷諾不屈不撓地對抗著壓榨人民的帝國……以及陰魂不散的昨日記憶。