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在艇上，韓星驚訝地發現，柳雅智父女也在艇上。原來柳氏父女是日本極右翼組織的間諜，多年來潛伏在中國，目的有兩個：一是為了獲取中國的國之利器——核潛艇的秘密，二是他們利用醫生這個職業作掩護，大量採集中國人的基因樣本，研製一種叫“SARS”二號的基因病毒武器，專門針對華人。此種病毒比中國在2003年流行的“SARS”一號傳染性更強、更難防治、也更陰毒。病毒不會致死，卻能夠讓感染者很快變成植物人，一旦傳染開，中國國力盡失，危在旦夕。柳雅智當初施美人計接觸韓星，就是因為發現韓星有可以讓植物人康復的特效藥，王子之吻。但是，董小方投靠日本後，柳氏父女知道了藥物的秘密，知道這種藥物極難量產，不足以破壞他們的陰謀，便放棄了對韓星的工作。
韓星知道這些陰謀，特別是知道“SARS”二號已在日本本土量產，並將於第二天晚上向中國傳播，韓星心急如焚，卻無計可施。
天明，潛艇進入日本海海域，正式浮出水面，懸掛日本國國旗，日本政府對此表示歡迎，迫不及待地宣布將094潛艇納入日本海軍編制。國之利器落入人手，中國的國際地位一落千丈，卻無可奈何。韓星痛罵董小方，董小方不為所動。
這時，韓星驚訝地發現，艇上劉一舟等叛國軍人紛紛昏倒。原來，董小方使用了他們曾經用來對付韓星的“淺藍色海豚”迷藥。
董小方和他的一眾同伴制服了柳氏父女，釋放了韓星，並解開謎底。原來，董小方和楚雲兒都是中國國家安全局的海外特工。對炎黃的種種措施，都是為了騙取日本人的信任，最終利用自己研製的“王子之吻”技術，換得了日本人的核心機密。老兵之所以能夠通過密道進入基地，也是董小方的精心策劃。他料定必會有此結果。但董小方唯一沒有計算到的，卻是楚天明會如此剛烈。因為女兒投敵失節自殺。楚雲兒為了國家利益，付出了極大的犧牲。
在日本右翼政府即將發動生物襲擊的最後關口，董小方決定，利用核潛艇上的百枚核彈核平日本，消滅病毒。他把手放在了核按鈕上，目標，也鎖定了日本諸島。
韓星因中子彈一事改變觀念，認為董小方此舉是反人類，勸董小方三思。董小方勸說韓星，潛艇已併入日本海軍編制，他本人是日本籍，此舉對中國並無危害，日本只能吃啞巴虧，國際社會也無話可說。而且，國家在危難關頭，不是你死就是我亡。
董芳芳附議韓星的意見，並且說，她的新成果，就是二代王子之吻，已經研製成功並在海州炎黃製藥量產，且並不昂貴，日本生物武器的威脅不足為患。
最終，董小方被說服，潛艇回歸中國。日本朝野震動，但並不敢攔截或者攻擊滿載核武的核潛艇。
回國後，病毒已經小範圍流行。依靠王子之吻，疫情終於得到控制。而日本政府使用生物武器攻擊中國一事，也因受韓星感動而洗心革面的柳雅智提供證據而大白於天下。之後，柳氏父女切腹自殺。
日本政府因犯眾怒，被聯合國制裁，美國有心阻撓，但面對國際國內正義的呼聲只能放棄。中國以核武為後盾出兵日本，清查大規模殺傷性武器，解除日本武裝，成為占領國，並扶植親華政府。日本在百年之內不再能夠對中國產生威脅。
韓星、林清雅、談晶晶，還有董小方兄妹和他們的配偶，錢玉成楚雲兒夫婦，經此一疫，已不再適合在中國公開露面，便移居非洲基地，重建了一個世外桃源，安度餘生。
至此，全書完。