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起初，義軍將北渡淮河時，宰相豆盧瑑曾議請授黃巢為天平節度使，待其到鎮時再發兵除掉他。另一宰相盧攜執意不從，認為只要發兵守住泗州，義軍不能入關，必還掠江、淮，便無能為力。不久義軍北上，淮北告急，盧攜遂惶愧稱病不出，京師也充滿了恐怖氣氛。十一月，義軍進入汝州（今河南臨汝），黃巢自稱“天補平均大將軍”，並傳檄官軍說：“各宜守壘，勿犯吾鋒！吾將入東都，即至京邑，自欲問罪，無預眾人。”
這時朝廷亂作一團，有人主張調發關內諸鎮兵扼守潼關，大宦官田令孜還自請率兩神策軍弓弩手去守關；有人則認為義軍擁有60萬之眾，潼關又無重兵，難以堅守。但僖宗還是決定讓田令孜率兵東守潼關。十一月十七日，黃巢大軍進抵洛陽城下，唐將齊克讓退守潼關，東都留守劉允章則率眾出城迎接黃巢入城。義軍紀律嚴明，只是“供頓而去，坊市晏然”。
黃巢軍進占洛陽不幾日，即向關中挺進。十一月二十一日，僖宗以田令孜為汝、洛、晉、絳、同、華都統，將左、右軍東討。就在這一天，黃巢率軍西進，攻占了虢州（今河南靈寶）。並警告據守潼關的官軍說：“吾道淮南，逐高駢如鼠走穴，爾無拒我！”
田令孜雖名為汝、洛諸州都統，率神策、博野等軍10萬守潼關，但他只是遙領，卻派左軍馬軍將張承范等率神策軍前往拒戰。當時，神策軍士皆是長安豪富子弟，只是為了厚得供給和賞賜才賄賂宦官掛名軍籍的，平日高車大馬，悠然自得，未嘗經歷戰陣。所以一旦聽說出征，嚇得父子抱頭相哭，為了逃避戰事，多以金帛雇商販與貧民代行。十二月一日，黃巢大軍進至潼關，唐守關將士斷炊，士氣低落。義軍奮力攻關，而尚讓又從被稱為“禁坑”的關旁谷中小道迂迴到關後，前後夾攻，官軍潰退，博野亂軍直奔長安，大肆劫掠。
黃巢一舉破關，又乘勝攻克了華州（今陝西華縣），留部將喬鈐駐守，自己親率大軍直搗長安。十二月五日，百官剛剛退朝，傳聞博野亂兵入城，即各自逃匿。僖宗在田令孜神策軍的護衛下，狼狽逃往成都避難，只有很少人從行，文武百官及諸王、妃多不知皇帝去向。
當天下午，黃巢前鋒柴存未受到任何抵抗即順利進入長安，唐金吾大將軍張直方率文武官數十人至灞上迎接。黃巢乘坐金色肩輿，其將士皆披髮，束以紅綾，身穿錦袍，手執兵器，簇擁黃巢而行。義軍浩浩蕩蕩，“甲騎如流，輜重塞塗，千里絡繹不絕”。黃巢終於實現了“沖天香陣透長安，滿城盡帶黃金甲”的夙願。黃巢軍意氣風發地進入長安城，長安市民夾道觀看，尚讓一再告諭市民說：“黃王起兵，本為百姓，非如李氏不愛汝曹，汝曹但安居無恐。”義軍將士在街道上每遇到貧民，“往往施與之”。
十二月十二日，黃巢進入太清宮。翌日，於含元殿即皇帝位，國號“大齊”，建元金統，並大赦天下。黃巢封其妻為皇后，尚讓、趙璋等為宰相，鄭漢璋為御史中丞，李儔等為尚書，皮日休為翰林學士，孟楷、蓋洪等為尚書左、右僕射兼軍容使。黃巢下令：唐官三品以上全部停任，四品以下則官復原職。可見，大齊是由農民軍文武官與唐官僚混合而成的一個政權機構。
農民軍憎恨官吏，對唐宗室、公卿士族實行嚴厲的鎮壓政策，“殺唐宗室在長安者無遺”。宰相豆盧瑑、崔沆及左僕射於琮、右僕射劉鄴、太子少師裴諗等藏匿民間，被義軍搜出後“皆殺之”，將作監鄭綦、庫部郎中鄭系拒不投降，“舉家自殺”。投降黃巢的左金吾大將軍張直方因匿公卿於夾壁牆中，事發後被殺。農民軍給唐宗室、公卿士族以巨大的打擊：
……
華軒繡轂皆銷散，甲第朱門無一半。
含元殿上狐兔行，花萼樓前荊棘滿。
昔時繁盛皆埋沒，舉目淒涼無故物。
內庫燒為錦繡灰，天街踏盡公卿骨！
……
詩人韋莊的這些詩句形象地反映了這一歷史事實。
大齊政權的建立，標誌著黃巢起義軍已取得了巨大的勝利。昔日威令天下的公卿貴族已被打翻在地，而倍遭欺壓凌辱的貧苦農民如今卻堂而皇之地做了大齊皇帝，揚眉吐氣，這無疑是一個翻天覆地的巨大變化。當時有人寫詩道：
自從大駕去奔西，貴落深坑賤出泥。
邑號盡封元諒母，郡君變作士和妻。
扶犁黑手翻持笏，食肉朱唇卻吃虀。
唯有一般平不得，南山依舊與天齊。
黃巢雖然建立了農民政權，但卻沒有出台什麼改革措施，穩定人心，也沒有及時追擊望風而逃的僖宗朝廷，給敵人以喘息的機會。所以僖宗得以從容地組織力量，大力圍剿起義軍。
中和元年（881年）正月，詔令鎮東、太原、代州等藩帥各發本道兵並赴京師討伐義軍。三月，以鳳翔節度使鄭畋同平章事，充京西諸道行營都統，與涇原、秦州、鄜延、夏州等節度使“同盟起兵，傳檄天下”。七月，又以宰相王鐸兼滑州刺史，兼充京城四面行營都統，“遣郎官、御史分行天下，徵兵赴關內”。僖宗調兵遣將，各路軍馬陸續向京師進發。黃巢稱帝後，曾遣使調發河中（今山西永濟西）糧餉。唐河中將王重榮拒戰，繳獲糧餉40餘船。