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①人事室。
②軍法處。
③後勤處。
④主計室。
⑤軍事情報學校：由原“情報局幹部訓練班”擴大而成，校址在陽明山碧湖農場附近。
“軍事情報局”的局長為中將銜，有兩名副局長，分管政戰及後勤支援。
除此之外，從1988 開始，各軍種強化作戰業務，所有情治系統（包括安全、情報、治安警政）均納入政戰範圍，因而各機構原來的“督察室”相繼改隸，“軍事情報局”的督察室也改名為“政戰部”，其人員由“國防部總政戰部”統一調派，亦為少將銜。
在“國軍”的軍種分科里，有所謂“步”、“炮”、“裝甲”、“政戰”……
等兵科，但“軍事情報”卻沒有專科，而是納入“通訊”兵科，因此，“軍事情報局”的人如果穿軍服，佩戴的軍科徽章均為“通訊”。專業的軍事情報人員來源則有下列幾類：
①“情報局”時代的各期“幹部訓練班”，招考高中畢業生，受訓期間為一年半至兩年半不等。
②“國防部特情室”時代的“基幹班”。
③“情報局”時代以迄目前的“軍事情報學校”，為大學畢業生所辦的“文職班”、“軍官班”、“特別班”等。
④“情報學校”成立後所辦的各種班次，基本幹部受訓兩年，有專科畢業學歷。
軍事情報工作，由於接近權力核心，加以傳統深遠，各種班次種類雜多，這個系統多年來一直有幾個特色：
①內部鬥爭劇烈，歷任局長几乎都是干到局長之後即仕途結束，主因即是被鬥垮台。
②軍事情報工作由於機密度甚高，因而父子相承、夫妻相隨等情況特別明顯，據稱，“軍事情報局”內的“父子檔”、“夫妻檔”、“兄弟檔”為國民黨一切機構之冠。
③“軍事情報局”在台灣的“權力等級”上排名極高，因而蔣介石和蔣經國對這個機構都甚為重視，局長任命均由他們自行選擇，除此之外，他們更是經常巡視這個單位。
與美情報合作極多
六、七十年代初期，是“情報局”的黃金時代，當時仍是冷戰時代，“敵我對峙”嚴重，台灣軍隊突襲活動亦經常進行，這些活動並非正面的軍事作戰，而是試探對方防務並藉機從事情報支援的情報作戰的一部分，因此，這些突襲，差不多都由情報局策劃兼執行；除此之外，當時美國與中國關係尚未解凍，美國的“中情局”、“國家情報局”等軍事情報機構也都需要以台灣作為軍事情報搜集的重心，因而情報局與美國的情報合作極多，除了U —2 高空偵察機的合作之外，尚有廣泛的情報合作、人員代訓、情報交換等。台灣當局也曾意欲在大陸發展所謂的“敵後武力”。
根據原則自行布建
不過，由於中國本身的穩定，以及後來美國與中國關係的解凍，上述的許多工作都逐漸有了改變。據透露， 80 年代以來，“軍事情報局”的工作，主要的內容已變為：
（1 ）由於兩岸關係已趨向緩和，台灣軍方已奉命不得挑起緊張，因而“軍事情報局”幾乎已不再派遣自己的專業人員進入大陸，以免這種被稱為“基本同志”的自己人失風被捕，造成兩岸關係重現緊張。
（2 ）由於“直遣”停止，對大陸的情報工作，主要是依賴電子作戰，包括截聽、破密等。近年來，“軍事情報局”大力強化“電子作戰處”，可以經由衛星、載波電話的截聽等搜集到極廣泛的軍事情報。
（3 ）強化“海外基地”的建立。據了解，由“軍事情報局”在差不多的國家都有這樣的據點，這些據點不透過外交途徑建立，也不請求地主國同意，純粹是“軍事情報局”根據“地下工作”的原則自行布建，因此，有時候失風，會被地主國發現而遣返或驅逐，香港即是個例子，“情報局”時代，它的地下組織曾多次被查獲而驅逐。這些“海外基地，除了在當地搜集中共的軍事情報資料外，另一重要工作即是吸收大陸人士作為（情報細胞）。”（4 ）對大陸的情報工作，目前以吸收大陸人為主，“海外基地”以及金馬“情報局”工作站的人員，在吸收到了之後（金馬主要以吸收大陸漁民為主），一般都就近施以兩個星期左右的訓練，訓練重點不外軍事情報的搜集方法以及未來聯絡的方式等。除了特別重要的情況外，雙方未來的聯絡都以通信為主。“軍事情報局”在某些地點也找到了一些“敵後志士”，設立了“情報電台”，但因電台發報極易被偵測，危險度太高，因此，這些電台設置了之後，一般都只聯絡一次，用以證實可以聯絡得上，然後即停止發報，開始潛伏，以備將來有特殊需要，他們才能拍發“預警情報”，發揮作用。
（5 ）據透露，自開放探親後，常理上，“軍事情報局”必然藉機大量派遣情報人員進入，或者利用探親人士來發展情報組織，其實則否。一位“軍事情報局”高級人士表示，一個未受過專業情報訓練的人進入大陸工作，由於心理負擔，行為必然怪異，很容易被大陸的反情報人員識破，因此，情報局極少利用探親人士從事情報工作；同時，利用探親人士從事情報工作，被捕獲後，很容易造成政治後遺症（例如大陸停止對台胞開放等）。但這並不表示近年來“軍事情報局”從未直接派人進去過，“情報局”直接派人大都是找一些絕對安全的人士（例如華僑等）。